国家科技计划实施中科研不端行为处理办法（试行）
科学技术部
国家科技计划实施中科研不端行为处理办法（试行）
科学技术部令第11号
《国家科技计划实施中科研不端行为处理办法（试行）》已于2006年9月14日经科学技术部第25次部务会议审议通过，现予发布，自2007年1月1日起施行。
部 长 徐冠华
二○○六年十一月七日
国家科技计划实施中科研不端行为处理办法（试行）
第一章 总 则
第一条 为了加强国家科技计划实施中的科研诚信建设，根据《中华人民共和国科学技术进步法》的有关规定，制定本办法。
第二条 对科学技术部归口管理的国家科技计划项目的申请者、推荐者、承担者在科技计划项目申请、评估评审、检查、项目执行、验收等过程中发生的科研不端行为（以下称科研不端行为）的查处，适用本办法。
第三条 本办法所称的科研不端行为，是指违反科学共同体公认的科研行为准则的行为，包括：
（一）在有关人员职称、简历以及研究基础等方面提供虚假信息；
（二）抄袭、剽窃他人科研成果；
（三）捏造或篡改科研数据；
（四）在涉及人体的研究中，违反知情同意、保护隐私等规定；
（五）违反实验动物保护规范；
（六）其他科研不端行为。
第四条 科学技术部、行业科技主管部门和省级科技行政部门（以下简称项目主持机关）、国家科技计划项目承担单位（以下称项目承担单位）是科研不端行为的调查机构，根据其职责和权限对科研不端行为进行查处。
第五条 调查和处理科研不端行为应遵循合法、客观、公正的原则。
在调查和处理科研不端行为中，要正确把握科研不端行为与正当学术争论的界限。
第二章 调查和处理机构
第六条 任何单位和个人都可以向科学技术部、项目主持机关、项目承担单位举报在国家科技计划项目实施过程中发生的科研不端行为。
鼓励举报人以实名举报。
第七条 科学技术部负责查处影响重大的科研不端行为。必要时，科学技术部会同其他部门联合进行查处。
科学技术部成立科研诚信建设办公室（以下称办公室），负责科研诚信建设的日常工作。其主要职责是：
（一）接受、转送对科研不端行为的举报；
（二）协调项目主持机关和项目承担单位的调查处理工作；
（三）向被处理人或实名举报人送达科学技术部的查处决定；
（四）推动项目主持机关、项目承担单位的科研诚信建设；
（五）研究提出加强科研诚信建设的建议；
（六）科技部交办的其他事项。
第八条 项目主持机关负责对其推荐、主持、受委托管理的科技计划项目实施中发生的科研不端行为进行调查和处理。
项目主持机关应当建立健全科研诚信建设工作体系。
第九条 项目承担单位负责对本单位承担的国家科技计划项目实施中发生的科研不端行为进行调查和处理。
承担国家科技计划项目的科研机构、高等学校应当建立科研诚信管理机构，建立健全调查处理科研不端行为的制度。科研机构、高等学校的科研诚信制度建设，作为国家科技计划项目立项的条件之一。
第十条 国家科技计划项目承担者在申请项目时应当签署科研诚信承诺书。
第三章 处罚措施
第十一条 项目承担单位应当根据其权限和科研不端行为的情节轻重，对科研不端行为人做出如下处罚：
（一）警告；
（二）通报批评；
（三）责令其接受项目承担单位的定期审查；
（四）禁止其一定期限内参与项目承担单位承担或组织的科研活动；
（五）记过；
（六）降职；
（七）解职；
（八）解聘、辞退或开除等。
第十二条 项目主持机关应当根据其权限和科研不端行为的情节轻重，对科研不端行为人做出如下处罚：
（一）警告；
（二）在一定范围内通报批评；
（三）记过；
（四）禁止其在一定期限内参加项目主持机关主持的国家科技计划项目；
（五）解聘、开除等。
第十三条 科学技术部应当根据其权限和科研不端行为的情节轻重，对科研不端行为人做出如下处罚：
（一）警告；
（二）在一定范围内通报批评；
（三）中止项目，并责令限期改正；
（四）终止项目，收缴剩余项目经费，追缴已拨付项目经费；
（五）在一定期限内，不接受其国家科技计划项目的申请。
第十四条 项目主持机关对举报的科研不端行为不开展调查、无故拖延调查的，科学技术部可以停止该机关在一定期限内主持、管理相关项目的资格。
第十五条 被调查人有下列情形之一的，从轻处罚：
（一）主动承认错误并积极配合调查的；
（二）经批评教育确有悔改表现的；
（三）主动消除或者减轻科研不端行为不良影响的；
（四）其他应从轻处罚的情形。
第十六条 被调查人有下列情形之一的，从重处罚：
（一）藏匿、伪造、销毁证据的；
（二）干扰、妨碍调查工作的；
（三）打击、报复举报人的；
（四）同时涉及多种科研不端行为的。
第十七条 举报人捏造事实、故意陷害他人的，一经查实，在一定期限内，不接受其国家科技计划项目的申请。
第十八条 科研不端行为涉嫌违纪、违法的，移交有关机关处理。
第四章 处理程序
第十九条 调查机构接到举报后，应进行登记。
被举报的行为属于本办法规定的科研不端行为，且事实基本清楚，并属于本机构职责范围的，应予以受理；不属于本机构职责范围的，转送有关机构处理。
不符合受理条件不予受理的，应当书面通知实名举报人。
第二十条 调查机构应当成立专家组进行调查。专家组包括相关领域的技术专家、法律专家、道德伦理专家。项目承担单位为调查机构的，可由其科研诚信管理机构进行调查。
专家组成员或调查人员与举报人、被举报人有利害关系的，应当回避。
第二十一条 在有关举报未被查实前，调查机构和参与调查的人员不得公开有关情况；确需公开的，应当严格限定公开范围。
第二十二条 被调查人、有关单位及个人有义务协助提供必要证据，说明事实真相。
第二十三条 调查工作应当按照下列程序进行：
（一）核实、审阅原始记录，多方面听取有关人员的意见；
（二）要求被调查人提供有关资料，说明事实情况；
（三）形成初步调查意见，并听取被调查人的陈述和申辩；
（四）形成调查报告。
第二十四条 科研不端行为影响重大或争议较大的，可以举行听证会。需经过科学试验予以验证的，应当进行科学试验。
听证会和科学试验由调查机构组织。
第二十五条 专家组完成调查工作后，向调查机构提交调查报告。
调查报告应当包括调查对象、调查内容、调查过程、主要事实与证据、处理意见。
第二十六条 调查机构根据专家组的调查报告，做出处理决定。
第二十七条 调查机构应在做出处理决定后10日内将处理决定送被处理人、实名举报人。
第二十八条 项目主持机关、项目承担单位为调查机构的，应当在做出处理决定后10日内将处理决定送科学技术部科研诚信建设办公室备案。
科学技术部将处理决定纳入国家科技计划信用信息管理体系，作为科技计划实施和管理的参考。
第五章 申诉和复查
第二十九条 被处理人或实名举报人对调查机构的处理决定不服的，可以在收到处理决定后30日内向调查机构或其上级主管部门提出申诉。
科学技术部和国务院其他部门为调查机构的，申诉应向调查机构提出。
第三十条 收到申诉的机构经审查，认为原处理决定认定事实不清，或适用法律、法规和有关规定不正确的，应当进行复查。
复查机构应另行组成专家组进行调查。复查程序按照本办法规定的调查程序进行。
收到申诉的机构决定不予复查的，应书面通知申诉人。
第三十一条 申诉人对复查决定仍然不服，以同一事实和理由提出申诉的，不予受理。
第三十二条 被处理人对有关行政机关的处罚决定不服的，可以依照《中华人民共和国行政复议法》的规定，申请复议。
属于人事和劳动争议的，依照有关规定处理。
第六章 附 则
第三十三条 在国家科技奖励推荐、评审过程中发生的科研不端行为，参照本规定执行。
第三十四条 本办法自2007年1月1日起施行。
建设工程实际竣工日期的确认标准
湖南金丝鸟麻业有限公司与湖南恒欣建设工程有限公司建设工程合同纠纷上诉案分析
一、本案要旨
本案要旨为，发包人收到竣工验收报告后，应在28天内组织有关单位验收，并在验收后14天内给予认可或提出修改意见。发包人收到承包人送交的竣工验收报告后28天内不组织验收，或验收后14天内不提出修改意见，视为竣工验收报告已被认可。工程竣工验收通过，承包人送交竣工验收报告的日期为实际竣工日期。工程按发包人要求修改后通过竣工验收的，实际竣工日期为承包人修改后提请发包人验收的日期。
2007年6月，金丝鸟公司发出邀请招标函，2007年7月26日，恒欣公司中标。2007年7月28日，金丝鸟公司与恒欣公司签订了一份建设施工合同，合同签订后，工程于2007年9月8日正式动工。工程完工后，恒欣公司向金丝鸟公司提出施工质量验收申请报告，要求金丝鸟公司在7月3日前组织竣工验收，申请报告的落款日期为“2008年6月25日”。7月4日，金丝鸟公司在申请报告上回复：“工程质量经其他各相关部门验收后认可，竣工验收日期甲方另行通知”。8月6日工程竣工验收合格。
本案的争议焦点主要为，涉案工程的实际竣工日期。
一审法院审理认为，由于双方没有办理正式竣工手续，对工程竣工交付使用时间没有合法有效的证据予以确认，考虑到恒欣公司2008年6月25日要求金丝鸟公司于2007年7月2日办理竣工验收时，金丝鸟公司没有积极配合，恒欣公司交付完工工程时间，依法应认定为2008年6月25日。
二审法院审理认为，建设施工合同通用条款九32.4对于实际竣工日期作出了明确约定，即工程竣工验收通过，承包人送交竣工验收报告的日期为实际竣工日期。同时，32.6还约定了中间交工工程的竣工时间按32.1至32.4款办理。根据查明的案件事实，恒欣公司送交的竣工验收报告金丝鸟公司于2008年7月4日签收，同年8月6日工程竣工验收合格，故应以竣工验收报告送交日期“2008年7月4日”为实际竣工日期。金丝鸟公司在恒欣公司提交竣工验收报告后，虽然没有按合同约定的28天内进行验收，但其作出验收合格结论的日期并未超过合同约定的验收与应答复总时间42天，因而，原审法院以金丝鸟公司没有响应恒欣公司单方提出的2008年7月3日办理竣工验收为由，以恒欣公司竣工验收报告的落款日期而非送交日期为实际竣工日期，有违双方合同的约定，法院依法予以纠正。
二、案件来源
湖南省常德市中级人民法院（2008）常民一初字第17号；湖南省高级人民法院(2011)湘高法民一终字第71号
三、基本案情
2007年6月，金丝鸟公司发出邀请招标函，对公司（一）、（二）车间和4、5号仓库的主体土建工程（不含轻钢屋架）进行邀请招标，建筑规模共11 831m2，投资估算2 500 000元，承包方式为包工包料。“结算价格为合同价格加设计变更签证工程量变更价格。”“除合同另有约定外，工程量变更后价格按下列方法确定：1、当分部分项工程量变更后的调整量小于原工程量的10%（含10%）以及因设计变更取消的项目按原定额单价及投标报价相应费率、工料机单价确定。2、当分部分项工程量变更后的调整量大于原工程量的10%，以及因设计变更引起的新增项目应按定额单价以及定额规定的相应费率、市场价格确定”。2007年7月5日，恒欣公司参加了金丝鸟公司（一）、（二）车间和4、5号仓库的主体土建工程邀请招标的发标会。2007年7月26日恒欣公司发出投标函，“愿以投标总报价2 325 890元投标报价进行承包，并承诺该报价不低于我公司的企业成本价”。2007年7月26日，恒欣公司中标。2007年7月28日，金丝鸟公司与恒欣公司签订了一份建设施工合同，合同约定：恒欣公司承建金丝鸟公司位于德山经济开发区（一）、（二）车间和4、5号仓库主体土建工程（不含桩基础）。开工日期为2007年8月1日，竣工日期为2007年11月5日。“合同价款为中标价2 325 890元”,“工程价款中不包含水电、轻钢网架等临建设施及工程配套费”。合同价款采用可调价格方式确定。工程结算价款根据国家政策及建设工程造价部门发布的调整方法及现行标准（含材料价差）进行调整结算。工程按形象进度付款。
合同签订后，工程于2007年9月8日正式动工。由于工程进度方面发生分歧，2007年10月19日，常德市政协、市建设局相关领导主持召开工程协调会议，金丝鸟公司、恒欣公司参加了会议。根据该次会议精神，2007年10月25日双方签订了《工程承包补充协议书》，约定：“承包方式为包工、包料、包工期、包质量、保安全责任”,“设计图纸包括（一）、（二）车间和4、5号仓库总面积11 831 m2的工程造价为2325890元。增减的工程量（经甲方认可并签证的工程量）费用按九九工程定额造价、常德市定额站发布的同期材料调差结算”,“（二）车间的施工必须在2007年12月10日之前完成，4号仓库的施工必须在2007年11月30日之前完成，（一）车间和5号仓库的施工必须在2007年12月31日之前完成”,“如因乙方（指恒欣公司，下同）原因影响工期的，每推迟一天，由乙方按工程总价的万分之十支付给甲方违约金”。
由于工程一直未予完工，2008年5月3日，恒欣公司向金丝鸟公司承诺：“此次如果在2008年5月20日前未完成所有工程量，若推迟，按5000元/天予以罚款，结算时从总工程款中扣除”。2008年4月初，在工程完工前，金丝鸟公司开始使用4号仓库、（二）车间。2008年5月，恒欣公司编制工程造价结算书，确定（一）、（二）车间和4、5号仓库总造价为4 776 673.22元。结算书报送金丝鸟公司后，6月3日，金丝鸟公司发出回复单，载明：“一、现收到恒欣公司决算书八本。二、现施工合同约定工程量未完成，还不能进行竣工验收，因此决算书不能认可。三、总决算书内容待竣工验收合格后审核”。6月13日，金丝鸟公司收到恒欣公司的“工作联系单”，载明：恒欣公司已按合同约定完成所有承包工程量，并于5月28日由设计、施工、监理、建设方共同对上述工程进行竣工预验收，所修工程已投入使用，投入使用日期为5月15日。之后，恒欣公司向金丝鸟公司提出施工质量验收申请报告，要求金丝鸟公司在7月3日前组织竣工验收，申请报告的落款日期为“2008年6月25日”。7月4日，金丝鸟公司在申请报告上回复：“工程质量经其他各相关部门验收后认可，竣工验收日期甲方另行通知”。2008年8月2日，湖南常德德山经济开发区管理委员会相关部门召集恒欣公司和金丝鸟公司相关负责人协调，协调会作出如下备忘录：“会议认为，因金丝鸟工程建设方和施工方对原双方施工合同外增补工程造价以及工程验收等问题引发的纠纷已经造成一定负面影响，必须引起高度重视。会议强调，建设方和施工方要相互谅解，加强配合，正确处理好双方分歧，协商不成可以寻求司法途径，施工方不得以任何借口从事上访、堵工、闹事等影响稳定的事。会议议定了如下事项：1、8月15日前，金丝鸟公司要组织完成项目建成部分的竣工验收工作，并做出项目的决算报告。2、由金丝鸟公司组织资金，对决算报告双方无争议部分的工程款及时付给恒欣公司，恒欣公司要确实做好农民工的思想工作，坚决杜绝上访、堵工、闹事等事件的发生。……”8月6日工程竣工验收合格。
经鉴定，恒欣公司完成的工程量中，合同外增加的工程量价款为420 685.43元，减少的工程量价款为461 175.30元，增加部分少于减少部分，减少造价为40 489.97元（420 685.43元－461 175.30元）。依据合同进行计算，金丝鸟公司应付给恒欣公司的工程价款为2 285 400元（2 325 890元－40 489.97元）。金丝鸟公司实际付给恒欣公司的工程价款为2 331 118.43元，超付45 781元。
2008年8月15日金丝鸟公司以恒欣公司违约为由提起诉讼：1、请求法院按照工程施工合同结算工程款（合同约定价款为2 325 890元，根据施工合同和补充协议计算的工程款总额是2 314 783.24元）；2、判令恒欣公司赔偿损失1 710 000元（包括违约金790 053.08元）；3、判令恒欣公司承担本案诉讼费用。
2009年3月6日，恒欣公司提起反诉：1、请求判决金丝鸟公司按实结算工程款，并按恒欣公司提交的工程造价结算书支付尚欠的工程价款2 493 354.79元；2、请求判决金丝鸟公司支付工程价款的利息（从2008年7月2日起算至付清为止按中国人民银行发布的同期同类贷款利率计付）。3、请求判决金丝鸟公司支付违约金1 165 508.26元；4、请求判决金丝鸟公司承担本案全部诉讼费用。
四、法院审理
原审法院认为：本案争议焦点为，双方所签合同及补充协议是否合法有效，合同履行中按何标准计算工程造价，金丝鸟公司主张违约金赔偿损失的理由是否成立。
涉案《建设工程施工合同》经过法定的招、投标程序，由双方协商依法签订，系双方真实意思表示，内容不违反法律、法规的强制性规定，应当认定为有效合同，对双方均有法律约束力。恒欣公司提交的证据只证实其参加投标时间不足20天，不能证实金丝鸟公司招标时间不足20天；现有证据不能直接证实恒欣公司中标价格低于其企业成本，因此对恒欣公司提出的招标程序违法、中标价格低于其企业成本的诉讼主张，应不予采信。《工程承包补充协议书》是基于恒欣公司未按约定时间开工建设的事实，在建筑行业主管部门的协调下签订的，内容不违背原合同的基本精神，协议书对工程造价、付款方式、施工工期进行了更明确的约定，对双方亦具有法律约束力，恒欣公司认为补充协议书系黑合同的主张不能成立。
根据金丝鸟公司《邀请招标函》和双方签订的《建设施工合同》可以认定，双方所签合同为可调价合同，双方对合同价款调整方法进行了明确约定，即限于国家政策及建设工程造价部门发布的调整方法及现行标准（含材料价差）进行调整结算。因此金丝鸟公司提出本案所涉合同是固定价格合同的主张和恒欣公司提出本案应按实结算的主张，均不能成立。
根据合同约定，本案工程款结算应当依据合同约定结算价，结合国家政策及建设工程造价部门发布的调整方法及现行标准（含材料价差）进行调整结算。除双方对实际工程量进行确认外，对于合同约定的施工工期内发生的合同约定的具体调整事项，双方均没有确实充分的证据予以证实，因此依现有证据进行结算，金丝鸟公司超付的工程款45 781元，应由恒欣公司返还。
恒欣公司未按合同约定工期施工，造成工程竣工延期，已构成违约，应当依法承担违约责任。根据合同约定，完工时间应当是2007年12月31日，在恒欣公司未按期完工后，双方就最后完工日期进行多次协商。2008年4月中旬，金丝鸟公司部分使用了4号仓库，之后5月3日，恒欣公司作出承诺，保证在2008年5月20日之前完成施工，据此可认定，金丝鸟公司已经放弃追究5月20日之前恒欣公司的违约责任。由于双方没有办理正式竣工手续，对工程竣工交付使用时间没有合法有效的证据予以确认，考虑到恒欣公司2008年6月25日要求金丝鸟公司于2007年7月2日办理竣工验收时，金丝鸟公司没有积极配合，恒欣公司交付完工工程时间，依法应认定为2008年6月25日。鉴于双方约定按合同承包价的日万分之十的违约金标准确实过高，依法应予以调整为按同期贷款利率进行计算。
综上，依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十八条、第六十四条、《中华人民共和国招标法》第四十六条第一款、第四十八条第一款、《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条第一款、第一百零七条、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十四条第（二）项规定，判决：（一）由恒欣公司在判决生效之日起十五日内退还金丝鸟公司工程款45 781元；（二）恒欣公司向金丝鸟公司承担自2008年5月20日至2008年6月25日止，依双方签订的《建设工程施工合同》约定的2 325 890元的工程款总额，按同期贷款利率计算的延期竣工违约金，于判决生效之日起十五日内付清。（三）驳回恒欣公司的反诉诉讼请求。本诉反诉案件受理费共计57 122元，由金丝鸟公司负担19 087元，由恒欣公司负担38 035元。
二审法院审理认为：金丝鸟公司与恒欣公司签订的建设施工合同是在经过法定的招投标程序后，依照招投标中标结果而签订的，内容未违反法律、行政法规的规定，应为合法有效。虽然《中华人民共和国招标投标法》第二十四条规定：招标人应当确定投标人编制投标文件所需要的合理时间；依法必须进行招标的项目，自招标文件开始发出之日起至投标人提交投标文件截止之日止，最短不得少于二十日。该条规定并非效力性强制规定，如果恒欣公司认为自己编制投标文件的合理时间不够，应在招投标时向招投标代理公司提出给予合理时间的请求，恒欣公司并未提出此请求且已顺利参加招投标并中标，说明其编制标书的时间已经足够。况且，从投标邀请书载明的时间来看，并未低于20天，涉案工程项目亦并非招标投标法规定的必须进行招标的项目，故对恒欣公司以此主张招标投标行为无效的上诉理由不予支持。恒欣公司一审虽提交了调查取证申请，经一审法院审查不符合民事证据规则相关规定且已通知驳回其申请，审理程序并不违法。《工程承包补充协议书》亦是双方真实意思表示，其内容并未背离中标通知书的实质性内容，只是对原约定的进一步明确，不违反我国法律、行政法规的强制性规定，应为合法有效。从询标记录、中标通知书、以及双方签订的建设施工合同来看，涉案工程应属工程量价格包干合同，也即11831平方米的工程量范围内，包干价为固定价格2 325 890元，合同中虽多次出现“按实结算”的字样，但从“特别约定”且“具有优先适用效力”的专用条款九中的“中标价不变，最终结算价按实际发生的工程量结算”，结合专用条款八对设计变更的约定可以看出，双方签订合同时关于“按实结算”的真实意思表示应为“按实际发生的工程量结算”，而“实际发生的工程量”是指合同约定的工程量加上设计变更的工程量，即最终结算价格为11 831平方米工程量范围内的包干价2 325 890元加上增减工程量按九九定额所计算出的价格的总和。这一真实意思表示在双方签订的《工程承包补充协议书》中进一步得到了体现。因而，恒欣公司上诉主张“按实结算”为全部工程量均按九九定额据实结算的上诉理由，因背离中标通知书的实质性内容且有违双方签订合同时的真实意思表示而不能成立，本院不予支持。由于双方合同约定增加和减少的工程量均按九九定额计算不予下浮，因而，恒欣公司主张减少的工程量造价应按下浮价计算的上诉理由亦不能成立，本院不予支持。一审判决说理部分虽然认为涉案合同为可调价合同，但在计算工程款时却是按合同约定的包干价加上设计变更增加及减少的差额进行的，符合双方合同的约定，故而其最终计算结果可予维持，即金丝鸟公司应付恒欣公司工程款为2 285 400元。由于金丝鸟公司起诉时诉讼请求中认为根据施工合同和补充协议计算的工程总造价为2 314 783.24元，其后并未根据鉴定结论变更诉讼请求，故应视为金丝鸟公司同意按2 314 783.24元进行工程结算，这是金丝鸟公司对自己民事权利的处分，应予以认可。一审未根据其诉请而直接以2 285 400元结算超越了金丝鸟公司的诉讼请求，本院依法予以纠正。恒欣公司上诉提出实际已付工程款为2 283 318.43元，而非一审认定的2 331 118.43元，经本院庭审询问，恒欣公司表示对一审认定的金丝鸟公司提供的已付工程款清单并无异议，仅对计算有异议，认为是计算错误。本院要求双方当事人于庭审后再次自行核实计算。金丝鸟公司确认计算无误，恒欣公司亦认可计算无误，但又提出其中有两笔金额与涉案工程款无关。在本院规定的期限内，恒欣公司未提交该两笔金额的相关证据，故对恒欣公司的这一异议不予采纳。恒欣公司上诉称一审认定证据错误，由于其上诉状中提到的9、10、11号证据均属已付工程款支付证据，而经本院庭审询问时，又表明对金丝鸟公司提供的已付工程款清单无异议，故即使原审法院认定证据存在瑕疵，亦未影响对已付工程款金额这一事实的认定。虽然金丝鸟公司的诉讼请求并无结算的具体金额，但结算本身包含了支付一定内容的款项，故恒欣公司上诉所称本案系确认之诉的理由不能成立。恒欣公司应退还金丝鸟公司多支付的工程款16 335.19元。
建设施工合同通用条款九32.4对于实际竣工日期作出了明确约定，即工程竣工验收通过，承包人送交竣工验收报告的日期为实际竣工日期。同时，32.6还约定了中间交工工程的竣工时间按32.1至32.4款办理。根据查明的案件事实，恒欣公司送交的竣工验收报告金丝鸟公司于2008年7月4日签收，同年8月6日工程竣工验收合格，故应以竣工验收报告送交日期“2008年7月4日”为实际竣工日期。金丝鸟公司在恒欣公司提交竣工验收报告后，虽然没有按合同约定的28天内进行验收，但其作出验收合格结论的日期并未超过合同约定的验收与应答复总时间42天，因而，原审法院以金丝鸟公司没有响应恒欣公司单方提出的2008年7月3日办理竣工验收为由，以恒欣公司竣工验收报告的落款日期而非送交日期为实际竣工日期，有违双方合同的约定，本院依法予以纠正。
双方在《工程承包补充协议书》中约定，涉案工程应相继于2007年12月10日至12月31日前完成施工，而恒欣公司最早交付2号车间的时间已到了2008年4月17日，实际竣工日期为2008年7月4日，故已构成延期竣工，应依照合同约定承担相应的违约责任。恒欣公司上诉提出因金丝鸟公司未及时提交图纸、设计变更、冰灾等多种原因造成工期延误，经查，恒欣公司并无证据证明金丝鸟公司延期交图，而设计变更增加的工程量亦并未超过减少的工程量。即使变更设计客观存在，恒欣公司亦未提交符合合同约定的申请延期的相关证据，现有证据只能证明符合合同约定的工期延期只有三天，即2007年8月20日签证单中记载的申请及确认延期三天。故恒欣公司主张延期交图及设计变更等扣减工期的请求不能成立。冰灾自2008年1月中旬开始，即或延期三天，双方约定的完工日期也在冰灾之前，因而，恒欣公司主张冰灾扣减工期的理由也不能成立。恒欣公司于2008年5月3日承诺保证在同月20日前完成施工，否则按5000元/天予以罚款，金丝鸟公司认可这一承诺，应认定双方就延期竣工的违约责任达成了新的一致约定。原审法院认为按双方合同约定计算的违约金过高故适当予以调整，调整为按中国人民银行同期同类贷款利率计算利息的方法，属于法官自由裁量的范围，并未违反法律禁止性规定，本院依法予以维持。但其调整的计算违约金本金为包干价2 325 890元，而非经结算后实际应支付的总工程价款2 314 783.24元，计算的截止日期为2008年6月25日，而非实际竣工日期2008年7月4日，有违查明的事实，此不属于法官自由裁量范围，本院依法予以纠正。
综上所述，原审法院查明事实部分不清，适用法律存在不当，本院依法予以纠正。依照《中华人民共和国招标投标法》第三条、第二十四条，《中华人民共和国合同法》第四十四条、第六十条第一款、第一百零七条、第一百一十四条第一款，以及《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条（二）（三）项之规定，判决如下：
一、维持湖南省常德市中级人民法院（2008）常民一初字第17号民事判决第三项；
二、变更湖南省常德市中级人民法院（2008）常民一初字第17号民事判决第一项为：由湖南恒欣建设工程有限公司自本判决书送达之日起15日内返还湖南金丝鸟麻业有限公司多支付的工程款16 335.19元。
三、变更湖南省常德市中级人民法院（2008）常民一初字第17号民事判决第二项为：由湖南恒欣建设工程有限公司自本判决书送达之日起15日内向湖南金丝鸟麻业有限公司支付以应付总工程款2 314 783.24元为本金自2008年5月21日至2008年7月4日止按中国人民银行同期同类贷款利率计算的利息作为延期竣工违约金；
四、驳回湖南金丝鸟麻业有限公司的其他诉讼请求。
本判决为终审判决。
五、与本案及类似案例相关的法规索引
《建设工程施工合同通用条款（GF--1999--0201）》
32.1工程具备竣工验收条件，承包人按国家工程竣工验收有关规定，向发包人提供完整竣工资料及竣工验收报告。双方约定由承包人提供竣工图的，应当在专用条款内约定提供的日期和份数。
32.2发包人收到竣工验收报告后28天内组织有关单位验收，并在验收后14天内给予认可或提出修改意见。承包人按要求修改，并承担由自身原因造成修改的费用。
32.3发包人收到承包人送交的竣工验收报告后28天内不组织验收，或验收后14天内不提出修改意见，视为竣工验收报告已被认可。
32.4工程竣工验收通过，承包人送交竣工验收报告的日期为实际竣工日期。工程按发包人要求修改后通过竣工验收的，实际竣工日期为承包人修改后提请发包人验收的日期。
32.5发包人收到承包人竣工验收报告后28天内不组织验收，从第29天起承担工程保管及一切意外责任。
32.6中间交工工程的范围和竣工时间，双方在专用条款内约定，其验收程序按本通用条款32.1款至32.4款办理。
32.7因特殊原因，发包人要求部分单位工程或工程部位甩项竣工的，双方另行签订甩项竣工协议，明确双方责任和工程价款的支付方法。
32.8工程未经竣工验收或竣工验收未通过的，发包人不得使用。发包人强行使用时，由此发生的质量问题及其他问题，由发包人承担责任。